Basierend auf der Detailstruktur der Thylakoidmembran wird ein allgemein gültiger molekularer Mechanismus für den Protonentransport über biologische Membranen vorgeschlagen. Es wird angenommen, daß aufgrund einer Redoxreaktion auf der Membranaußenseite eine Umpolarisierung innerhalb der Phospholipidschicht induziert wird, die zu einer Protonentranslokation führt.
In diesem Pumpmodell wird die anisotrope protolytische Reaktion an einer amphoteren Phosphogruppe und einer an der Innenseite der Membran fixierten PO⊝-Gruppe bewerkstelligt. Die Umpolarisierung dieser Molekülgruppierung und ihrer Hydrathülle erfolgt durch die Einführung eines Dipols in einer Redoxreaktion, bei der ein Elektron über eine Distanz von ca. 20 -25 Å auf der Membranaußenseite transferiert wird.
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